A kullancsencephalitist okozó FSME-vírus, ahogy neve is mutatja, a kullancsokban fordul elő. Dr. Ócsai Lajos járványügyi szakértő, az ÁNTSZ korábbi járványügyi főosztályvezetője szerint nehéz pontosan megbecsülni, hogy a kórokozó mekkora arányban lehet jelen a parazitákban, azonban azt fontos kiemelni, hogy ez az arány régiónként változhat, a Nyugat-Dunántúlon és az Északi-középhegységben például jóval több a fertőzés.